法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》第四条【免税项目】
明确规定：按照国家统一规定发给的补贴、津贴、福利费、抚恤金、救济金，以及保险赔款等，免征个人所得税。
《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）第五条【解除劳动关系补偿】
该条款是处理此问题的核心规定，明确了个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入的税务处理方式。
一、具体计算方法
根据上述规定，协商解除劳动合同取得的经济补偿金的个人所得税计算，遵循以下原则：
免征额计算：在当地上年度职工平均工资3倍数额以内的部分，
免征个人所得税。
超过部分征税：对于超过该3倍数额的部分，不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表进行计算纳税。
计算公式：
应纳税额 = {[(一次性经济补偿收入 - 当地上年度职工平均工资 × 3) - 法定扣除项目（如社保、公积金等）] ÷ 实际工作年限（超过12年的按12年计算）} × 适用税率 - 速算扣除数} × 实际工作年限（超过12年的按12年计算）
二、计算示例
假设某员工与单位协商解除劳动合同，取得一次性经济补偿金30万元，其在该单位工作8年，当地上年度职工平均工资为10万元，法定扣除项目为0元。
计算免征额：10万元 × 3 = 30万元。
确定应纳税所得额：该员工的补偿金30万元等于免征额30万元，因此
应纳税所得额为0，
无需缴纳个人所得税。
注：若补偿金为35万元，则应纳税所得额为5万元。
三、重要注意事项
适用范围：上述政策仅适用于个人因与用人单位解除劳动关系而取得的
一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费用）。
不适用情形：如果劳动者在解除劳动合同后，
再次任职或受雇，其取得的收入应按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，不适用上述优惠政策。
地方差异：具体的“当地上年度职工平均工资”标准，需以用人单位所在地（通常指省、自治区、直辖市）统计部门公布的数据为准。
文件时效：财税〔2018〕164号文件目前仍然有效，但个人所得税政策可能随国家宏观政策调整而变化，建议在实际操作前咨询当地税务机关或专业税务人士，以获取最新、最准确的执行口径。
总结
协商解除劳动合同的经济补偿金，其个人所得税的处理核心在于当地上年度职工平均工资3倍以内的部分免税。超过部分需按规定计算缴纳个人所得税。由于政策具有一定专业性，且涉及具体计算和地方标准，建议您在处理时，结合自身情况，向税务机关或专业人士进行咨询确认，以确保合规。
